临床医学院是学校最早成立的二级教学机构，主要负责临床医学、麻醉学、康复治疗学、儿科学四个专业的医学人才培养。有17个临床教研室（含4个实验中心）、1个国家级临床技能培训中心、1个国家临床教学培训示范中心，18家临床学院及34家实习医院。1958年开始招收临床医学专业，2011年开始麻醉学方向人才培养，2016年开始招收康复治疗学专业，2022年开始招收儿科学专业，1979年开始招收硕士研究生，目前是学术学位和专业学位一级学科硕士点，2018年与暨南大学研究生院联合开展临床医学博士研究生培养工作。临床医学专业目前为首批国家级一流专业建设点，安徽省特色专业，ESI全球排名前1%，临床医学学科为安徽省高峰培育学科，临床医学博士点建设单位，麻醉学专业为安徽省一流专业建设点。
学院秉承原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）严谨治学的教育传统，坚守“固本守教、教授施教、传帮带学、反复实践”的人才培养理念，在传承的基础上不断改革创新。学院推进“临床学院教学模式”改革，临床医学专业学生在临床课程学习阶段全部进入临床学院学习，实现临床理论课程学习、课间见习和临床实习无缝对接，促进医学生岗位胜任力和实践能力不断提高。
