第一临床医学院（第一附属医院）是学校最早成立的二级教学机构，主要负责临床医学、麻醉学、儿科学三个专业的医学人才培养。有17个临床教研室（含4个实验中心），16家临床学院及35家实习医院、1个国家级临床技能培训中心、1个国家临床教学培训示范中心，18家临床学院及34家实习医院。1958年开始招收临床医学专业，2011年开始麻醉学方向人才培养，2022年开始招收儿科学专业。1979年开始招收硕士研究生，目前是学术学位和专业学位一级学科硕士点，2018年与暨南大学研究生院联合开展临床医学博士研究生培养工作。临床医学专业目前为首批国家级一流专业建设点，ESI全球排名前1%，临床医学学科为安徽省高峰培育学科，临床医学博士点建设单位，麻醉学专业为安徽省一流专业建设点。
学院秉承原上海第二医学院严谨治学的教育传统，在传承的基础上不断改革创新，学院推进“临床学院教学模式”改革，临床医学专业学生在临床课程学习阶段全部进入临床学院学习，实现临床理论课程学习、课间见习和临床实习无缝对接，促进临床医学学生岗位胜任力和实践能力不断提高。学院至今培养了以刘德培、段树民、陈孝平、王福生、范先群五位院士为代表的当代医学领军人物，有以刘新民、卢洪洲、卜军等为代表的中青年学术医疗精英，有以“白求恩奖章”获得者、阜阳市人民医院儿科刘晓林医生为代表的一大批扎根基层的临床业务骨干，为国家和区域卫生事业发展做出重要贡献。
